L’agriculture, l’aménagement du territoire ont leur rôle à jouer dans la préservation de cette ressource qui, malgré une impression d’abondance en Pays Basque nord (près de 1400 mm de précipitations annuelles) reste une ressource fragile à utiliser et gérer avec parcimonie.
La fragilité de la ressource en eau potable du Pays Basque est réelle. La majeure partie de ses habitants est alimentée en eau potable à partir de rivières, notamment la Nive et la Nivelle

Après avoir remporté des appels d’offre émanant de collectivités territoriales en charge de l’eau sur les bassins versants, Euskal Herriko Laborantza Ganbara a mené des travaux importants de diagnostics des exploitations agricoles des bassins versants des Nives et de l’Uhabia en 2008 et 2009.

Des animations sur ces deux territoires sont en cours, avec comme objectif l’amélioration de la qualité bactériologique des cours d’eau, et le maintien de la bonne qualité physico-chimique (nitrates, pesticides). Par des visites chez les paysans et des formations, Euskal Herriko Laborantza Ganbara fournit un conseil agronomique lié aux risques de pollutions de l’eau. Couvrir et composter son fumier, respecter les distances d’épandage, entretenir et replanter les ripisylves, éviter l’abreuvement direct au cours d’eau ; toutes ces « bonnes pratiques » permettent de limiter les risques de pollution de l’eau.

Même si la bactériologie reste la problématique majeure au Pays Basque, la monoculture du maïs présente dans certaines zones impact la ressource en eau au niveau quantitatif (irrigation) mais aussi qualitatif. En effet, elle, peut entraîner des phénomènes d’érosion des sols agricoles, ainsi que des pollutions en pesticides (exemple : détection de métolachlore, herbicide du maïs, dans l’eau du robinet à Mauléon en 2015).

Pour éviter ce genre de problèmes, Euskal Herriko Laborantza Ganbara propose des formations techniques sur la diversification, l’interculture, les techniques culturales simplifiées, ou encore le désherbage mécanique.