L’année 2000 a vu le lancement officiel de la phase de désignation du projet Natura 2000 du site « habitat » (ZSC) du massif de Larrun Xoldokogaina (francisé en la Rhune et Choldocogaina). Il est complété en 2006 par le lancement du site « oiseaux » (ZPS) du Col de Lizarrieta.
Il s’agit d’un territoire naturel remarquable qui s’étend sur les montagnes de Biriatou, Urrugne, Sare et Ascain, et a été désigné pour le patrimoine naturel riche, diversifié et très particulier qu’il présente. Sous les influences combinées de l’océan et de la montagne, de nombreux milieux et espèces d’intérêt communautaire y sont recensés (milieux humides spécifiques de l’ouest du Pays Basque, forêts remarquables, espèces végétales et animales rares à l’échelle européenne, passage migratoire important…). Le maintien de ce patrimoine est en étroite relation avec les activités socio-économiques du territoire comme l’agriculture ou la gestion forestière. Tout l’enjeu du projet consiste donc à concilier la conservation du patrimoine naturel avec le maintien des activités agropastorales et forestières traditionnelles et le développement durable des nouvelles activités de loisir et de tourisme.