Le territoire basque est d’une grande richesse écologique aux yeux de l’Europe : il regroupe en effet deux régions biogéographiques : Atlantique et Alpine. Il est ainsi classé de la Haute-Soule jusqu’à la Rhune.
La directive Habitats retient 22 sites qui représentent un total de 145 710 hectares comprenant des massifs montagneux, des cours d’eau, des lacs et des extensions marines :
– Les massifs : Montagnes de la Haute-Soule ; Montagne du Pic des Escaliers ; Massif des Arbailles ; Forêt d’Iraty ; Montagne de St-Jean Pied de Port ; Montagne des Aldudes ; Massif du Baygoura ; Massif du Mondarrain et de l’Artzamendi ; Massif de la Rhune et de Choldocogagna, Montagnes du Barétous. Ont été recensés comme étant d’intérêt communautaire sur la montagne basque : 23 habitats, 14 espèces animales et 4 espèces végétales.
– Les cours d’eau : La Nivelle, La Nive, L’Ardanavy, La Joyeuse, La Bidouze, Le Saison, Le Gave d’Oloron et les Marais de Labastide-Villefranche.
– Les lacs : Lac de Mouriscot.
– Les sites marins : Baie de Chingoudy, Domaine d’Abbadia et Corniche Basque, Falaises de Saint-Jean-de-Luz à Biarritz, Côte Basque rocheuse et extension au large
Avec près de 145 710 hectares concernés, c’est ainsi la quasi-totalité des montagnes, des littoraux et des cours d’eau du Pays Basque qui est inclue dans un site Natura 2000.
Les sites abandonnés au cours du classement ont été les collines d’Osquich et de Lantabat, les massifs Ursuya et Garralda, les landes d’Hasparren, les coteaux de St-Palais, les bois de Chéraute et de Josbaig, les dunes de Chiberta et les collines de Mouguerre et de Villefranque.