Pirinio-Atlantikoetako departamenduan, Natura 2000 sarea hedatzen hasi da duela 20 urte baino gehiago. 1994-1995 urteetan, Ondare Naturalaren Eskualdeko Batzorde Zientifikoak, inbentario zientifiko lan bat eraman du, eskualdeko prefetaren baimenarekin, Natura 2000 sailkatzeko guneak zerrendatzeko. Bertako naturalista eta zientifikoen laguntzarekin, lan hori egina izan da inkestak eramanez eta bibliografia lan handi baten bidez, ahalmen gutti zelako.

Euskal lurraldeak aberastasun ekologiko handia du Europarekiko. Alabaina bi eskualde biogeografiko biltzen ditu : ozeano Atlantikoa eta Pirinioak. Horrela sailkatua da Xiberoatik Larrunera.

22 gune atxikiak izan dira abere eta landare bizi-ingurumenen direktibaren barnean. Mendi, erreka, laku eta itsas guneko 145 710 hektareko eremua da.

Gune hauek dira :
– Mendiak: Basabürüko mendiak, Iratiko oihana, Garaziko mendia, Aldudeko mendia, Mondarain eta Artzamendiko mendigunea, Larrun eta Xoldokogaina mendigunea, Baigura mendia, Baretous eskualdeko mendiak ; Arbailak, Eskaleta.
– Errekak : Urdazuri, Errobi, Ardanabia, Alegera, Biduze, Ühaitza, Oloroneko uhaitza eta Bastidaxarre herriko intak.
– Lakuak : Mouriscot lakua.
– Itsas guneak : Txingudiko itsasadarra, Abbadia eremua et euskal itsas hegigaina, Donibane Lohitzune eta Miarritze arteko itsas ezpondak, Euskal itsas bazter arrokatsua eta itsas zabalaruntz.

145 710 hektararekin, euskal mendi, itsas bazter eta erreka gehienak Natura 2000 sarearen barne dira. Gune batzu baztertuak izan dira sailkapena eraikitzerakoan : Oxkaxeko eta Landibarreko mendixkak, Ursuia eta Garralda mendiak, Hazparneko larreak, Donapaleuko aldapak, Sohüta eta Josibaiako oihanak, Xibertako duna, Milafranga eta Mugerreko mendixkak.